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办理认证的费用主要由以下部分组成：
首先是审核费用，ISO9001证书的有效期是三年，每年都要进行一次年审，那么审核的费用就包括了初审和年审的费用。
企业首次申请认证称之为初审，初审的费用主要与公司人数和企业所在行业有关。另外，企业选择不同的认证机构，费用也会不一样。目前，全国的认证机构有几百家，其中包含了一些外资机构，一般来说外资机构的费用会高于国内的认证机构，例如SGS、TUV、BV等机构，收取的费用至少会是12000元起步。国内的认证机构，一般费用会从6000元起步。
企业首次获得ISO9001证书之后，还要进行第二、第三年的监督审核，我们称之为年审，年审的费用通常会比初审费用便宜一些。
如果企业为了降低风险，提高认证通过率，需要找第三方咨询机构进行辅导，则还会产生一定的咨询费用。
除此之外，项目审核期间产生的差旅费用通常也是由企业进行实报实销来承担的。